Existe-t-il une clé de registre pour dire à Windows de supprimer un fichier au prochain démarrage ?
Oui, les valeurs sont stockées dans la clé de registre
HKLM\System\CurrentControlSet\Control\Session Manager\PendingFileRenameOperations
mais vous feriez mieux d’utiliser un outil pour cela, comme MoveFile de SysInternals, ou MoveLatr de BitSum (code source C fourni pour ce dernier), qui effectuent la modification du registre pour vous.