Après quelques tests, je peux confirmer que OneNote utilise toujours la langue de saisie définie dans le panneau de configuration Région et Langue.
Cependant, vous pouvez combiner n'importe quelle langue de saisie avec n'importe quelle disposition de clavier (du moins sous Windows 7), donc la solution (temporaire, espérons-le) consiste à ajouter une nouvelle langue de saisie associée à la disposition de clavier d'origine.