Vous ne pouvez pas supprimer les nœuds racines. Ils n'existent pas physiquement. Vous pouvez, cependant, supprimer leur contenu, via Regedit (contrairement à reg).
Regedit se bloque dès que j'essaie de supprimer HKLM\SYSTEM. Après avoir réinitialisé la VM (parce que j'étais paresseux), j'obtiens l'écran suivant (le système d'exploitation est Windows XP) :
(« Windows n'a pas pu démarrer car le fichier suivant est manquant ou endommagé : \WINXP\system32\config\SYSTEM »)
Donc oui, supprimer des éléments du registre tuera Windows de façon absolument certaine. Et à moins d'avoir une sauvegarde, la restauration est impossible.