En résumé : il semble que la corruption sur les disques causait le problème.
Après avoir effectué un chkdsk /f au redémarrage sur les disques, je voyais encore des erreurs avec chkdsk. Après avoir effectué un chkdsk /f avec un démontage forcé puis confirmé qu'il n'y avait plus d'erreurs avec chkdsk /f et chkdsk /scan, la réplication a commencé à fonctionner correctement.
