Grâce au commentaire de Greg Askew et au lien qu'il a partagé vers ce fil ServerFault, j'ai finalement pu résoudre ce problème après des semaines de blocage.
En résumé, ce qui a fonctionné était :
Reconstruire l'objet SYSVOL Subscription manquant sous le bon parent (CN=Domain System Volume,CN=DFSR-LocalSettings,CN=DC1,...) en utilisant ADSIEdit et en suivant la procédure documentée pour la réparation manuelle de la réplication DFSR SYSVOL.
