Je suppose que les applications Windows comme les navigateurs, clients mail, etc. ont leurs propres clients DNS et contournent donc le client DNS Windows
Non, c'est rarement le cas. Ce sont principalement des applications spécialisées (et certains, mais pas tous, les navigateurs web) qui ont leur propre résolveur stub. La majorité des programmes qui n'ont besoin que de résoudre un nom d'hôte en adresse utilisent le résolveur du système.
(Typiquement, les programmes qui doivent résoudre des types d'enregistrements non-adresse comme TXT ont probablement leur propre résolveur stub, comme OpenSSH qui utilise libldns pour les enregistrements SSHFP, tout en utilisant le résolveur du système pour les noms d'hôte.)
En général, si un programme peut utiliser avec succès des noms non-DNS (comme mDNS foo.local), il utilise très probablement le résolveur du système.