La plupart des réponses ici m'ont aidé à orienter dans la bonne direction, mais aucune ne me convenait, alors je publie ma solution.
J'ai Windows 7, qui est livré avec PowerShell intégré. Voici le script que j'ai utilisé pour trouver/remplacer toutes les occurrences de texte dans un fichier :
powershell -Command "(gc myFile.txt) -replace 'foo', 'bar' | Out-File -encoding ASCII myFile.txt"
Pour l'expliquer :
powershell démarre powershell.exe, qui est inclus dans Windows 7
-Command "... " est un argument de ligne de commande pour powershell.exe contenant la commande à exécuter
(gc myFile.txt) lit le contenu de myFile