D'abord, je peux reproduire votre problème :
Le problème vient du fichier système \System Volume Information\IndexerVolumeGuid dans chacun des volumes clonés. Vous avez raison, le système est perturbé par les GUID visibles dans les entrées du registre sous HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows Search\CrawlScopeManager\Windows\SystemIndex\*, et ce fichier fournit les GUID.
Comme les volumes sont clonés, ce fichier est identique. Il n'est PAS « mis à jour » (régénéré pour éviter les conflits) quand les volumes sont montés, tout comme le numéro de série du volume :
Cependant, ce fichier peut être supprimé en toute sécurité, et une fois le volume remonté, un nouveau sera généré ; le problème disparaîtra quand TOUS les volumes ayant un GUID dupliqué seront remontés avec des GUID uniques (un redémarrage peut être nécessaire pour le volume système) :
Malheureusement, je ne suis pas sûr qu'il existe un moyen pratique/sûr de le supprimer sous Windows :